清净寺始建于公元1009年，全名是艾苏哈卜大清真寺。寺院周边历史上曾是穆斯林聚集区，泉州清净寺是国内少有的用花岗岩和辉绿岩建造的礼拜寺，现存重要遗存有石构门楼、奉天坛等，具有典型的中世纪西亚伊斯兰教寺院特征。在尖拱门上方有一列《古兰经》阿拉伯文石刻，主要意思是：“真主万能”。

门楼甬道两侧墙壁上是尖券形壁龛，穹顶是伊斯兰建筑的常用形式。在尖券门上方，有两行石刻，它明确记载了两个信息：一是这座清净寺始建于1009年，是当地第一座礼拜寺。二是寺院1310年重修，我们现在看到的就是重修后的遗存。门楼屋顶上是望月台，是伊斯兰教斋月里阿訇登临望月，决定开斋日期的地方。这是礼拜堂奉天坛，门楣上有《古兰经》雕刻，提示我们即将进入礼拜堂。

我们面朝正西向，是伊斯兰圣地麦加的方向，这片墙叫“米哈拉布墙”，阿拉伯文的意思是礼拜朝向，这是礼拜堂中最重要的一面墙，所以可以看到它装饰得比其他三面墙都精美，建有7个刻满古兰经铭文的壁龛。中间凹进去的地方是阿訇主持礼拜的位置。

米哈拉布墙上的铭文主要是《古兰经》，其中特别有意思的是圣坛左边中间这龛，写着：商业不能使他们疏忽而不纪念真主、谨守拜功和完纳天课。还有圣坛右边中间这龛，写着：“船舶在海中带着真主的恩惠而远行，以便指示你们他的一部分迹象，对于每个坚忍的、感谢的人，此中确有许多迹象”。可以理解为祈祷真主保佑来华贸易的航海者。这些石刻说明来到泉州的伊斯兰信徒多为从海上远航而来的商人，反映了穆斯林严格的教规及其精神追求。

寺院东南侧城区出土的墓盖石：14世纪的伊斯兰墓碑1方；13世纪的伊斯兰墓碑1方。

敕谕碑。14世纪末期，泉州地区由于战乱，伊斯兰教寺院荒废，穆斯林朝拜活动受到影响。15世纪初，明朝皇帝颁布了圣旨来保护穆斯林及其寺院，由此穆斯林后裔在泉州得到保护和延续。

这里有两方与保护管理有关的重要碑刻。左边是重修清净寺碑，记录了1609年当地乡绅修缮这座清净寺的经过。右边这方是重立清净寺碑，刻于1350年、1507年重刻，描述了伊斯兰教从海路传入泉州、在泉州兴盛和建寺的情况，特别记录了当时泉州已建有清净寺6、7座。这两方碑刻非常珍贵，是中国伊斯兰寺院中可考的最早汉字碑记，对于研究早期阿拉伯与中国宗教文化交流史，伊斯兰教在中国东南沿海港口城市传播与清真寺的建置、组织机构等，都有珍贵的史料价值。

清净寺周边是穆斯林聚集区，涂门街改造后，还是安置在附近。遇到开斋节、古尔邦节等重大节日，有在泉州的穆斯林都会集中到清净寺活动。